故事以只有女性能使用的世界最強兵器「InfiniteStratos（IS）」為中心，在女尊男卑的世界中，主角「織斑一夏」雖然身為男生卻能夠操縱IS，為此他被強制進入培育IS操縱者的學校「IS學園」，周圍理所當然...
